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二代測序ngs實驗室裝修設(shè)計的總體設(shè)計與要求應(yīng)參考《分子病理診斷實驗室建設(shè)指南試行》,、《---機構(gòu)---基因擴增檢驗實驗室工作導(dǎo)則》、《個體化醫(yī)學(xué)檢測---指南》,、《---個體化---檢測技術(shù)指南》,、《個體化醫(yī)學(xué)檢測實驗室管理辦法》,、《測序技術(shù)的個體化醫(yī)學(xué)檢測應(yīng)用技術(shù)指南試行》進行。
一,、二代基因測序?qū)嶒炇业陌l(fā)展與應(yīng)用
二代基因測序next-generation sequencing,，ngs技術(shù)，主要應(yīng)用于---檢測,，如遺傳---,、實體---、------,、---性---,、人類白細胞抗原分析及非侵襲性產(chǎn)前---等,。---有關(guān)學(xué)會已---相關(guān)共識與指南以推動其在---中的應(yīng)用。
二代基因測序技術(shù)的發(fā)展對測序數(shù)據(jù)的處理分析提出了---的要求,。目---代基因測序?qū)嶒炇医ㄔO(shè)數(shù)據(jù)分析軟件很多,，但是絕大多數(shù)軟件僅能完成單一的分析功能，如何能正確---地選擇整合這些軟件已成為迫切需求,。saren對于二代基因測序?qū)嶒炇医ㄔO(shè)已經(jīng)有所研究,。三仁---開發(fā)設(shè)計了一套基于二代基因測序---的實驗室建設(shè)方案，---的實驗設(shè)計原理,，一站式建設(shè)和規(guī)劃方案,，簡化了數(shù)據(jù)分析過程中的人工操作，---提高了運行效率,。
二,、二代測序ngs實驗室裝修設(shè)計之布局分區(qū)
1. 原則上ngs實驗室應(yīng)當分為分區(qū)：樣本前處理區(qū)、試劑儲存和準備區(qū),、樣本制備區(qū),、---制備區(qū)、雜交捕獲區(qū)/多重pcr區(qū)域---擴增區(qū),、---擴增區(qū)---擴增區(qū),、---檢測與質(zhì)控區(qū)、測序區(qū),、數(shù)據(jù)存貯區(qū),。
2.各工作區(qū)的空氣和人員流向應(yīng)按照《---機構(gòu)---基因擴增檢驗實驗室工作導(dǎo)則》的要求來設(shè)計。
3. 實際設(shè)計中的布局分區(qū)可根據(jù)實際情況合并,，通常由建設(shè)方提出要求,，或?qū)嶒炇已b修設(shè)計公司給出建議、由雙方協(xié)商決定,。但是在前處理和建庫時,，---樣本應(yīng)與組織樣本分開。
三,、二代測序ngs實驗室的建設(shè)要求
1．ngs檢測人員的---要求：
ngs檢測---應(yīng)具備---病理學(xué),、分子生物學(xué)的相關(guān)大專以上---，并經(jīng)過ngs技術(shù)的理論與技能培訓(xùn)合格,。
數(shù)據(jù)分析人員應(yīng)具有---醫(yī)學(xué)或分子生物學(xué)或遺傳學(xué)知識背景并經(jīng)生物信息學(xué)培訓(xùn),。
終報告應(yīng)由中級或碩士以上具有病理學(xué)背景、經(jīng)培訓(xùn)合格的本單位執(zhí)業(yè)---或者授權(quán)簽字人(醫(yī)學(xué)博士---或------)審核,。
2．ngs檢測試劑及項目要求：
試劑和測序平臺均應(yīng)選擇中國食品------管理---(cfda)---產(chǎn)品,。涉及到實驗室自配試劑，應(yīng)該有嚴格的試劑制備標準操作規(guī)程sop，需經(jīng)過---實驗室自建項目(ldt)驗證合格才可使用,。
每個ngs檢測項目在驗證時需要根據(jù)建庫方法,、測序平臺和分析工具以及不同的突變類型包括，單堿基突變single nucleotidevariant,，snvs,、小片段插入或者缺失indels、基因拷貝數(shù)變異copynumber variationscnvs,、染色體結(jié)構(gòu)變異，structuralvariationsvs以及不同的樣本類型如ffpe組織,、新鮮組織,、全血、胸水等對特定panel的準確性,、---性,、敏感性、特---等性能參數(shù)進行l(wèi)dt驗證,。
應(yīng)該有經(jīng)過標準品測試的在不同的mutant allele frequenciesmaf下,，不同測序---的靈敏度及特---數(shù)據(jù)，確定不同樣本的的測序---,。經(jīng)驗證后,，sop發(fā)生的任何改動，包括試劑,、儀器,、基因項目等都需要重新做驗證。驗證實驗結(jié)果簽名留底備案,。
3．ngs檢測實驗室的管理要求：ngs檢測主要包括實驗操作和生物信息
學(xué)分析兩部分,。實驗操作部分包括樣本準備、---制備,、編碼barcoding,、目標區(qū)域富集、測序等,；生物信息學(xué)分析部分包括定位mapping,、比對、變異識別,、變異注釋,、變異---及報告等。上述流程均需要建立實驗室管理體系文件和sop及機器運行和維護sop,，具有嚴格的室內(nèi)質(zhì)控措施,；定期參加室間質(zhì)評以有及持續(xù)的---和改進計劃。
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