外顯子測序

外顯子組測序exome-seq是對定向富集的基因組dna進(jìn)行高通量測序,，它能夠以相對低的費用對人類外顯子組進(jìn)行拷問。2009年，外顯子組捕獲工具的出現(xiàn),，讓外顯子組測序這種技術(shù)迅速紅起來,。到目前為止，已有超過1萬個外顯子組被測序,。

如今有多家公司推出了外顯子組捕獲試劑,，包括羅氏nimblegen、安捷倫,、illumina,，還有現(xiàn)在的華大基因。這些方法究竟孰優(yōu)孰劣,，斯坦福大學(xué)醫(yī)學(xué)院遺傳學(xué)系的研究人員對市場上三個主流的外顯子組測序平臺進(jìn)行了比較,。該研究結(jié)果發(fā)表在《nature biotechnology》上。研究人員利用安捷倫,、illumina和nimblegen的外顯子組測序平臺對同一個人類-樣品進(jìn)行分析,。他們的結(jié) 果表明，nimblegen平臺作為一個使用高密度重疊探針的平臺,，盡管覆蓋了較少的基因組區(qū)域,，但在靈敏檢測小的變異時所需的測序量也少。在同樣獲得80m測序數(shù)據(jù)的情況下,，nimblegen有97%的目標(biāo)序列達(dá)到10x以上的測序-,，而其他產(chǎn)品只有90%。而安捷倫和illumina的探針能夠在低密度下捕獲更多數(shù)量的變異,。此外,，illumina還捕獲了未翻譯的區(qū)域，這是nimblegen和安捷倫平臺無法靶定的,。研究人員還比較了同一樣品的外顯子組測序和全基因組測序wgs,，顯示外顯子組測序能夠檢測到wgs錯過的小變異。

除了文中提到了三個主流平臺,，外顯子組捕獲方面的新產(chǎn)品也在不斷推出,，研究人員的選擇也將更廣泛。羅氏nimblegen即將推出新一代的外顯子液相捕獲產(chǎn)品,。這一新產(chǎn)品將可捕獲64m的基因組序列,，包括外顯子以及mirna，-怎么做,，它含與其他nimblegen液相捕獲產(chǎn)品相同的2.1m高密度探針,，以高xiao、均一,、特異,、的定向捕獲,。

甲l基化特-的pcr

herman 等 1996 在使用重-酸鹽處理的基礎(chǔ)上新建的一種方法。該方法敏感性高,，主要用于作定性研究,。用--鹽處理基因組dna，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧定被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,，而jia基化的胞嘧定不變,；隨后設(shè)計針對jia基化和非jia基化序列的引物進(jìn)行pcr。通過電泳檢測msp擴增產(chǎn)物,，如果用針對處理后jia基化dna鏈的引物能得到擴增片段,，則說明該位點存在jia基化；反之,，說明被檢測的位點不存在jia基化,。

特點：適用范圍廣，能夠檢測特異位點是否發(fā)生jia基化,。

--鹽測序法bisulfite sequencing pcr,，bsp

--鹽修飾后測序法 bsp frommer 等 1992 提出的研究 dna jia基化方法，此方法-性及jing確度高,，能明確目的片段中每一個 cpg 位點的jia基化狀態(tài),。用--鹽處理基因組dna，所有未發(fā)生jia基化的胞嘧ding被轉(zhuǎn)化為尿嘧ding,，而jia基化的胞嘧ding不變,。隨后設(shè)計bsp引物進(jìn)行pcr，在擴增過程中尿嘧定全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧定,，zui后對pcr產(chǎn)物進(jìn)行測序就可以判斷cpg位點是否發(fā)生jia基化，稱為bsp-直接測序法,。將pcr產(chǎn)物克long至載體后進(jìn)行測序,，可以提高測序成功率，這種方法稱為bsp-ke隆測序法,。

特點：jing確度高,，能夠準(zhǔn)確檢測出jia基化的程度百分比。